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January 8, 2008

●Hello, MCMC

The Killers - Mr. Brightside

Lancasterも無事読み終わって,RとWinBUGSで,MCMCやってみました:
MCMChist.jpg

また別のposterior probabilityのsampling:
MCMCdensity.jpg

RのWinBUGSフロントエンドである,R2WinBUGSライブラリが,モデルファイルとかが全部同じworking directoryにないと動かない(my documentsに置いたからかも)ということにしばらく気付かなくて悩んだけれど,気付いたらさくさくできました。

でも,やっぱ,こういうsampling simulationは,時間喰うなぁ。MLEなら一瞬で終わる単純なPoisson/Negative binomialモデルであっても,それをMCMCでシミュレーションすると,数分待たされることになる。
まぁ,estimateしている対象が違うといえば違うし(MLEはpoint estimateなのに対し,Bayesianではwhole distribution),frequentisの立場であったとしても,bootstrapとかjack knifeのようなデータドリブンな手法を使えばやっぱり時間はかかるから,仕方がないか。

そういえば,某氏が

MLEだと,ちょこちょこと解に近づいていく感じがするのに対し,Bayesianって,ぐじゃぐじゃになるから(例えば↑のmarkov chainの5000ヒストリx3セットのグラフ参照),あんまり信用できないよね~

という趣旨のことを言ったと聞いたことがあります(←伝聞...)。確かにその感覚は共感できるけれど,まぁ,推定している対象が違うからしょうがないよね。frequentistの基本は,modeおんりぃだから。

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